http://net.tutsplus.com/tutorials/php/create-a-signup-form-with-email-confirmation/確認メール付きのユーザー登録フォームを作るチュートリアルです。英文ですが、ソース付きなので理解しやすいと思います。
http://www.mitchy-world.jp/itmemo/mysql/20.htm