mod_rewrite がきちんと動くようになってるとして、index.php の頭にスラッシュがないのが駄目なんだと思います。
RewriteRule ^index\.php\?(.*)$ /index.php/$1 [L]
これで、http://hostname/index.php?AA/BB でアクセスしてきた人に、
/index.php/AA/BB の内容を見せてあげることができます。
でも、Pukiwiki で index.php の後の ? を / に変える必要があるんでしょうか?
http://hostname/wiki/AA/BB でアクセスしてきた人を、/index.php?AA/BB で処理してあげる、とかではなく?
RewriteRule ^wiki/(.*)$ /index.php?$1 [L]