URLは一応ダミーですが、かなり参考になると思います。
Pentium4 2.4GHz、メモりは1GBという当方の環境においてDivXではなく、XviDですが20分のソースをwavletNR込みで、1〜2時間ってところですかね。あまり時間を気にしてないんで参考にならず、すみません。
OSがXPならば9xのように頻繁に固まったりはしないと思うので優先度を下げ、裏で別の作業をすれば良いかと思います。
上記URLでも書かれていますが、AviUtlのバージョン情報を表示させているとエンコードを一時停止させて他の作業に処理を割くことができるようになります。
VobファイルということはDVDのリッピングだと思いますが、それならば音声は再圧縮せずにAC-3のままMUXすることをお奨めします。
本当はもう一台マシンを用意するのが最も確実な解決方法なんですけどね。