PERLのCGIは今までFFFTPで転送し、メモ帳で編集していました。EUCを扱えるエディタを使ったほうが良いのでしょうか。文字コードについては、あまり知識がありません。
どのようなエラーが表示されたのが書かれていませんので、外しているかもしれませんが、PHPのスクリプトは基本的にテキストで書かれていますから、FFFTPなどのFTPクライアントで転送する際は、ASCII(アスキーモード)で転送します。
また、表示されたエラーメッセージを書かれるともっと的確な回答がでやすくなると思います