リムーバブルドライブのファイルを開いたままにしているわけでもないのに、windows2000以降よく起こっているような気がします。
ありそうなのは、
・エクスプローラ等で、リムーバブルドライブのファイル一覧を開いたままにしている
・アンチウイルスソフトがそのドライブをスキャン中である
・動画/音声ファイルなどで、statusバーなどに表示するためのファイル情報(動画の長さ、フォーマットなど)をOSがスキャン中である
です。
下記URLはさくっと検索して見つけたやつです。いちおう参考にしてください。