NTFSには、代替データストリームという、特殊なデータファイルが存在します。代替データストリームは、エクスプローラやコマンドプロンプトで対応していないためフォルダ表示やdirコマンドでは表示もされず、合計サイズにも含まれません。
⇒NTFS ボリューム上のディスク領域の問題を特定して修正する方法の代替データ ストリームの項を参照
代替データ ストリーム
NTFS では、ファイルおよびフォルダに代替データ ストリームを含めることができます。この機能を使用すると、複数のデータ割り当てを 1 つのファイルまたはフォルダに関連付けることができます。ファイルおよびフォルダで代替データ ストリームを使用する場合には、以下の制限があります。
ファイルまたはフォルダに代替データ ストリームが含まれる場合
• エクスプローラおよび DIR コマンドでは、報告されるファイル サイズまたはボリューム統計に代替データ ストリームのデータは含まれません。プライマリ データ ストリームの合計バイト数のみが表示されます。
• chkdsk からの出力では、代替データ ストリームを含め、ユーザーのデータ ファイルによって使用されている領域が正確に報告されます。
• ディスク クォータでは、ユーザーのデータ ファイルの一部であるすべてのデータ ストリーム割り当てが追跡され、報告されます。
• Windows バックアップ (ntbackup.exe) では、バックアップされたバイト数がバックアップ ログ レポートに出力されます。ただし、代替データ ストリームがどのファイルに含まれるかは示されません。また、代替ストリームのデータを含むファイルの正確なファイル サイズも示されません。
chkdskでは、代替データストリームで消費されている分も含めた領域が表示されますのでこちらで確認して100GBと表示されるようであれば、50GB分は代替データストリームで隠しファイルのようなもので使われている可能性があります。(あまり考えにくいですが)
代替データストリームがあるかどうか確認するツールはいくつかあります。
ADS Manager
lfnutils
なお代替データストリームの例としては、インターネットゾーン設定があります。インターネット上からプログラムをダウンロード、保存した際に「インターネットゾーン」が設定されて実行時に警告ダイアログが出ますが、これはダウンロードしたファイルの代替データストリームとしてゾーン設定ファイルが一緒に記録されることで実現されています。
またマルウェアが存在を隠すために代替データストリームを利用することもあります。
普通の事なので心配の必要はありません。
ただ、50Gも不明の領域が出来るのかなと思いますが
一つにはクラスターサイズのせいです。
仮に一バイトのファイルを作ります。
私の環境ではファイルのサイズは1バイトですが
ディスク上のサイズは4KBになります。
何キロと言う単位でしかファイルを管理していないので無駄な領域が必ず出来ます。
以下はクラスターの説明のページです。
http://support.microsoft.com/kb/140365/ja
(管理の単位を小さくすると無駄は少なくなりますが
ファイルを何処に格納したかと言う管理領域を大きくしないと行けなくなるので
如何ともしがたい問題です)
クラスターサイズ以外の問題でも
ファイル名を格納している部分、ファイルの格納場所を管理している部分
など部分が表示されません。
スワップ領域、システムの復元情報の格納部分
は、ファイルとして格納できるのかなと思いますが
削除するわけにはいかないでしょう。
HDDが壊れていると言うような事以外は
システムの作りの問題なので
心配する必要はないですよ。