No.2の方の指し示されたお問い合わせの注意事項に
Wiiおよびニンテンドー3DS/DSi LL/DSiの場合は修理内容によっては、本体およびWiiリモコンに保存されているデータを消去させていただくことがあります。あらかじめご了承ください。
と書いてます。
ニンテンドー側としても、できる限りデータを消去しないように修理するつもりは
あるのでしょうけど、故障の内容や箇所によっては消去せざるを得ない場合や、
万一に備えてデータの保証はできないという回答が帰ってきそうです。
実際に聞いたわけではないんですけどね。
消えないといっておいて消えちゃったらすごい文句いわれるので、消えるかも知れないです
としか答えられないのが大人の世界。
電気店は電化製品を扱っているだけで必ずしも存じている訳ではありません。寧ろ知らない気がしますので直接に任天堂に問い合わせを試みては如何でしょうか。
あと以下の回答は私が回答したものですので参考になれば良いです。
http://q.hatena.ne.jp/1315190248#a1099772
http://q.hatena.ne.jp/1315059746#a1099303