CLIからPHPを実行するとApacheモジュールPHPのphp.iniが反映されません。
CLI版PHPはどのphp.iniを参照しているんでしょうか。
調べ方、またCLI版のphp.iniの作り方、設定方法を教えて下さい。
http://www.php.net/manual/ja/configuration.file.php
ここにあるように、条件により変わってきます。
実際に使っているファイルはphpinfo()で見れたと思います。
同じファイルを見たいのなら、
あたりでしょうか。
パスの通っている場所でiniオプションをつけて実行してください
設定が反映しない件は単純に別のファイルを編集しちゃっているだけだと思います
php --ini
http://php.net/manual/ja/features.commandline.options.php