未確認情報ですが日本人会員は、6人だと言われています。うち現在ご存命中は、野依良治(理化学研究所所長)、五條堀孝(国立遺伝学研究所副所長)、物故者としては福井謙一さんが確認されています。
あと三人が誰かを教えてください。
下記の物故会員名簿では、
http://www.pas.va/own/documents/pasdeceased.html
福井謙一さんのほかに、下記の名前があります。(Japanで内部を検索)
現存者2名を加えると7名ですね。
MIZUSHIMA Sanichiro / 水島三一郎.
ODA Minoru / 小田稔
UMEZAWA Hamao / 梅澤濱夫
YUKAWA Hideki / 湯川秀樹
(なお、現存者がお示しの2名であることも、確認しました)
「日本人会員が六人」という情報の出典が不明なのでちょっとたどりづらいのですが、現在の会員は質問にも書かれている野依さんと五條堀さんの二人だけです。
現在の名称はPontifical Academy of Sciencesで、ウィキペディアでは日本語版のページがありません。英語版には現在のメンバー一覧が国旗画像付きで網羅されています。
Pontifical Academy of Sciences - Wikipedia, the free encyclopedia
Pontifical Academy of Sciencesの公式ページ(英語)から「Academicians」のページに行くと、同じく現在のメンバーの紹介ページがあります。
Pontifical Academy of Sciences
こちらでも日本人ではGOJOBORI Takashi と NOYORI Ryoji 両氏の名前のみが見られます。
Pontifical Academy of Sciences Fukui Kenichi で検索すると、確かに福井謙一氏が同アカデミー会員だったことが確認できます。ただ、それ以外の名前はざっと検索した範囲では見つかりませんでした。過去に参加した人物については判明次第追記したいと思いますが、ちょっと難しいかもしれません。