たとえばアプリをバージョンアップする際、「いったんアンインストールして再インストールする」という手順が自動的に行われる事があります。
このような場合、ユーザ情報が消えてしまっては都合が悪いので、多くのアプリでは、「アンインストールしても、どこかにユーザ情報を残して、新バージョンで引き継げるようにしている」事が多いのです。
ユーザ情報をどこに残すか、その具体的な手法は色々あります。
a)ブラウザのクッキーに保存する
b)OS のユーザフォルダに保存する(Windows の Document and Settings など)
c)ユーザ ID に紐付けて、サーバに保存する
などなど…。
保存・引き継ぎの方法は、アプリによって違いますし、ものによっては複数の方法を混用しますので、完全に消去したいならば、サーバ上のアカウントを削除した上で、OS を再インストールするのが確実です(目的のものだけ手動で消していく事は出来るが簡単ではないし確実でもない)。