技術的に古いものであり、脆弱性の対応が難しいためです。なお、Appleに限らず、業界全体で対応の終了をしている状況です。(GoogleやMozillaなど)
消費電力が高いこととhtml5で代替できる技術がすでに実用化されてることが主な理由です。