NASが壊れて復旧サービスにデータを救出して頂いたのですが、データをいざ開いてみると読み取れるデータと読み取れないデータがありました。

DataSalvagerをお試しください。

無料版では復元可能性の確認のみできます。可能性があるようでしたら、製品版（2,980円）をお求めください。

可能性がないようでしたら、データ復旧センターのようなデータ復旧業者に依頼するのがよろしいかと存じます。

有償ソフトしか見つかりませんでした。復旧サービスに出しているようなので一応回答しておきます。

http://www.opencorruptpdf.com/

http://www.repairpdffile.net/

いずれも無償でのデモ実行でわざと破壊したデータを試してみましたが、1ページ目しか出力しない(みたいな)のでエラーメッセージが表示されなくなることだけは確認できたものの、後続のページがちゃんと復元されるのかどうかは全然分かりません。

バージョンを確認してみるといいようです。

http://pchdddata.blog85.fc2.com/blog-entry-819.html

一度試してみてはいかがでしょう。

http://q.hatena.ne.jp/1209435126