透過GIF かどうかを判定する基準は､Transparent Color Flag がｵﾝになっているかどうかで判定されていると思います｡

実際にTransparent Color Index で指定された色が画像内で使用されていなければ､非透過のGIFと見た目は変わりません｡

http://www.tohoho-web.com/wwwgif.htm#TransparentGIF

ですから､透過でないようにしたい場合は､保存時に透過･非透過を指定できるようなｸﾞﾗﾌｨｯｸﾂｰﾙを使用すればできると思います｡

下記で紹介されている IrfanView は GIF保存時に透過にするかどうかのﾁｪｯｸﾎﾞｯｸｽがあります｡

http://www.animegif.net/animegif/pict-makegif.html

見た目が同じなら変更しなくてもよいというのも選択肢の一つだと思いますが､ｺﾏﾝﾄﾞで一括でやるのであれば､ImageMagic の convert で

GIF ⇒ GIF

で変換するか､あるいはそれができなければ､一度透過情報を落としてから

GIF ⇒ BMP ⇒ GIF

のように変換したらできないでしょうか｡

http://aoi-f.blog.so-net.ne.jp/2010-09-03

で透過を指定する例がありますが､指定しなければ透過GIFにはならない気がします｡