自分もバッテリー交換をしましたが、ちゃんと本体のデータは残されていました。ゲームボーイ等、昔のゲームは電池の電流によってデータの保存を行っていた様ですが、今はデータ保存の方法が新しくなっているので、バッテリーパックを外すことでデータが消えるという心配はまずないと言ってよいと思います。
私もバッテリー交換は二回もしましたが、データはすべて残っていました。だから大丈夫だと思いますよ^^