通常､電車通勤の方が高いという事はありません｡
単純にｶﾞｿﾘﾝ代と定期代だけで比較してもｶﾞｿﾘﾝの方が高くつきます｡
ﾊｲﾌﾞﾘｯﾄﾞ？実燃費は20km/L程度ですよね？
小型ﾃﾞｨｰｾﾞﾙ？さほど違わないかと｡
電車がよほど遠回りとかでなければ､安くなる事はないと思います｡

しかも､車体の償却(どんなに頑張っても20万km､20年程度でしょう)税金､保険､車検等の各種維持費を加算すれば､電車の方が圧倒的に安いはずです｡
また､自身で運転しなければならないので疲労も加味されます(満員電車だと違わないか､､)
さらに､他の方も指摘されているように事故率は自動車の方が圧倒的に高く､毎日の通勤のように距離が伸びていけば必ずどこかで起こします｡(物損だけにしても)