｢管理しやすい以外に｣という点がどうかと思いますが､ｻｲﾄを運営しているとﾍﾟｰｼﾞ数も増えていきますので､ﾌｫﾙﾀﾞで分類するのが良いと思います｡
複数のHTML､画像､CSSなどが最上部のﾃﾞｨﾚｸﾄﾘに混在し､ｻｰﾊﾞｰ内がｸﾞﾁｬｸﾞﾁｬになっているｻｲﾄを見る事がありますが､手が付けられなくなります｡

学校で言えば､理科も数学も国語のﾌﾟﾘﾝﾄから修学旅行の案内まで､全ての紙が積み重ねられているような状態で､片付けることも出来なくなってしまいます｡
そういう事にならないようﾌｫﾙﾀﾞに分けておくのが良いと思います｡