ﾌｧｲﾙ冒頭に保存されているﾃﾞｰﾀは､BOM(Byte Order Mark)ではないでしょうか｡BOMが付いているなら､Unicodeﾌｧｲﾙの仕様通りと言えると思います｡

http://e-words.jp/w/BOM.html

ﾊﾞｲﾅﾘｴﾃﾞｨﾀ等でｺｰﾄﾞをみるとはっきりすると思います｡

BOM有りのUTF-8ﾌｧｲﾙを読み込んでいるものと思われます｡
(ﾌｧｲﾙの先頭にﾊﾞｲﾄｵｰﾀﾞｰの情報があるﾌｧｲﾙ)

元のﾃﾞｰﾀを作成する側でBOM無し保存できるなら､
それに越したことはありません｡

ﾃﾞｰﾀ作成側での対応が無理で､ruby側で対処するならば､
BOM付きであることを明示してopenすると良いでしょう｡

open(ﾌｧｲﾙ名, 'r:BOM|UTF-8')

BOMの有無が判らない場合は､
先頭の3ﾊﾞｲﾄが以下であれば､削れば良いでしょう｡
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%90%E3%82%A4%E3%83%88%E3%82%AA%E3%83%BC%E3%83%80%E3%83%BC%E3%83%9E%E3%83%BC%E3%82%AF

0xEF 0xBB 0xBF

BOM(Byte Order Mark)ですね｡

http://ruby.11.n6.nabble.com/ruby-dev-32979-BOM-of-UTF-td3519737.html

まつもと ゆきひろです
...
|つぎに現状でdon't care であるとして､それは仕様として(とりあえずの
|形であっても)固定されたものですか?

将来にわたって対応しないと断言するほどではないですが､対応す
る予定はありません｡

と､昔の情報では､こんなことを書いています｡
なので､こんな対応をしているのも見つかります｡

http://stackoverflow.com/questions/5011504/is-there-a-way-to-remove-the-bom-from-a-utf-8-encoded-file

 content.gsub!("\xEF\xBB\xBF".force_encoding("UTF-8"), '')

でも､最新のﾊﾞｰｼﾞｮﾝでは､対応されてるみたい｡

http://doc.ruby-lang.org/ja/1.9.3/method/Kernel/m/open.html

ｴﾝｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞの指定
ext_enc(外部ｴﾝｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞ)が指定されている場合､読み込まれた文字列にはこのｴﾝｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞが指定され､出力する文字列はそのｴﾝｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞに変換されます｡
ext_encが'-bom'で終わる場合､その入力に含まれるBOMはあらかじめ削られます｡また､BOMがあった場合､入力された文字列にはそのBOMに対応するｴﾝｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞが設定されます｡

でも､ちょっと罠があるらしく...
http://smileruby.hatenablog.com/entry/20110221/1298298952

つｰか､Encodingに-bomで終わるのなんてあたっけ？

で､こうなんだとか｡

念のためこっち(Index of Classes & Methods in Ruby 1.9.3 (Ruby 1.9.3) )で確認したら…
『If ext_enc starts with ‘BOM|’,? 』ってなっている!!
ってことでｺﾁﾗが正解

puts File.open("utf8.txt", "r:UTF-8"){ |fp| fp.read(6).dump }
# => "\xEF\xBB\xBF20\t"
puts File.open("utf8.txt", "r:BOM|UTF-8"){ |fp| fp.read(3).dump }
# => "20\t"
puts File.open("utf8n.txt", "r:BOM|UTF-8"){ |fp| fp.read(3).dump }
# => "20\t"

http://www.ruby-doc.org/core-1.9.3/Kernel.html#method-i-open

If ext_enc starts with ‘BOM|’, check whether the input has a BOM. If there is a BOM, strip it and set external encoding as what the BOM tells.