フォーマットファクトリーはどうでしょう?yahooで検索すればでてきます。
http://matome.naver.jp/odai/2129792977198820701こういうのでしょうか?違ったらすいません。
http://blog.zamuu.net/2011/0510/ffmpeg-on-android/こちらはどうですか?