レイヤーの関係ではないでしょうか。レイヤーは上にあるほうが一番手前に出ます(通常レイヤーの場合)なので線画レイヤーが一番下の場合この法則で行くと、色を塗りつぶした場合上手くいかないと線画の上にまで色がかかってしまいます。
筆圧の問題で太い線、細い線になってしまうこともあります。スプライン曲線、ベジェ曲線などの機能を使うと、綺麗で細さの揃った線になりますよ。わかりにくくてごめんなさい。