プロジェクトの映像サイズが間違っているのではないでしょうか。VideoStudioのバージョンが分かりませんが、X3であれば「設定→プロジェクトのプロパティ→編集」でオプションダイアログが出ますので、映像のサイズを調整してみて下さい。
http://uploda.cc/img/img50eccb5fc97ec.jpgこんな感じです。
やはり画面の大きさの指定をまちがってますね。youtubeの基準があるはずなので、その大きさに納まるように変換すべきです。