http://pro-grammer.info/archives/894
/etc/httpd/conf.d/以下にあると思います。vhost.confとか無いですか?rootアカウントでのftpは行うべきではありませんが、/etc/vsftpd/ftpusers/etc/vsftpd.user_listからrootを削除すればよいと思います。