ゲストOSでもそれぞれキー入れ替えをしないといけませんね。
Ubuntu http://linux.just4fun.biz/Ubuntu/Caps%20Lock%E3%81%A8Ctrl%E3%82%92%E5%85%A5%E3%82%8C%E6%9B%BF%E3%81%88%E3%82%8B.html
Windows http://uguisu.skr.jp/Windows/winCaps.html
WindowsXP用のフリーソフト「KeySwap」を使って、キーボードの入れ替えをしてください。
http://www.forest.impress.co.jp/article/2002/03/19/okiniiri.html
linuxやwindowsでのキーボードショートカットの設定をしていないのが原因です。
windowsならここから好きなものを
http://www.vector.co.jp/vpack/filearea/win/util/operate/keyboard/index.html
linuxならここを参考にしてください。
http://linux-suomi.net/modules/tinyd8/index.php?id=9
http://yanagisawa.hatenablog.com/entry/20090201/p1
こちらを使うのはどうでしょうか。