アンパンマンがバイキンマンありきで生まれたワケでは無いからです。
まずアンパンマンが生まれて、その後にできたのがバイキンマンですから、アンパンを含む共通の宿敵=バイキンとなりました。ちなみにアンパンマンはバイキンマンに勝てますが、カビるんるんには勝てません。
実はばいきんマンの天敵として白血球マンは存在しますが、白血球マンはばいきんマンのことを敵とは見ておりません。むしろ食料として見ております。事実ばいきんマンたちが繁殖しているばいきん村は時々白血球マンに襲われて壊滅しすことが時々あります。あの世界では普段悪役の、ばいきんマンたちが襲われているところを描写してもあまりおもしろくないのでそういったことは書かれていないだけです。また普段アンパンマンと戦っているあのばいきんマンは白血球マンに狙われないように繁殖地から飛び出して生活しているばいきんマンです。なのでもし白血球マンにたまたま見つかってしまったら食べられてしまってあの話は終わってしまうのですが、そうならければいいですね。(^^)
バイキンマンは、大科学者です。
白血球マン・センサーを開発しており、白血球マンを避けてバイキンマンが出現した処で、ストーリーが展開されるから、白血球マンの出番がないということです。