著作権は無くなりません。こちらを参考にしてください。http://blog.goo.ne.jp/yougo-school/e/116846b01b4b39ed6659a1f39f996168
他の回答同様無くなりません。
一番わかりやすい例はトレースでしょう。写真を参考に絵をおこしても著作権侵害として抗議或いは訴えられてそれなりのお金を支払った例は多々あります。
私が強く印象を抱いたのはかわぐちかいじが『沈黙の艦隊』で写真家が撮った写真集からトレースしたとして写真家に謝罪、賠償金まで支払っています。
写真を基に手書きした絵でも著作権が残るのに、写真をソフトで変更したら残らないということはありません。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%88%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B9_(%E8%A3%BD%E5%9B%B3)
他の回答にある同一性保持権が問題となるのはパロディなどに使用して著作権者の意図しない主義・主張をされた場合となります。
同一性保持権(どういつせいほじけん)は、著作者人格権の一種であり、著作物及びその題号につき著作者(著作権者ではないことに注意)の意に反して変更、切除その他の改変を禁止することができる権利のことをいう(日本の著作権法20条1項前段。以下、特に断らない限り、引用法令は日本のもの)。
同一性保持権 - Wikipedia