Dropboxなどのクラウド系は同期に時間が掛かるので、ファイルを頻繁に更新する場合には向いていないと思います。
BitTorrent syncというツールがあります。Dropboxのようなツールですが、エージェント同士でファイルを交換しあうので(ネットワーク的に)近い場所に同期させたいコンピュータがある場合においては速い同期が期待できます。
http://www.bittorrent.com/intl/ja/sync
Gitが適当だと思われているのでしたら、GitHubないしBitBucketを使われても良いのではないでしょうか。
競合時にマージができない(マージしてもぶっこわれる)だけで、exeファイルが扱えないという訳ではありません。競合したときにはどちらかの版で上書きする格好になります。
お役に立てば幸いです。
Nドライブエクスプローラー
Nドライブエクスプローラーの同期機能を使うと、パソコンの特定フォルダとNドライブの特定フォルダの中身を、全自動で常に同じ状態に維持できます。
複数のパソコンそれぞれにNドライブエクスプローラーを設置し、自動同期設定をしさえすれば、複数のパソコン同士のデータ同期もできるようになります。
http://help.naver.jp/faq?itemNo=1098
RealSyncはいかがでしょう。
http://howcollect.jp/article/1629
あと、有料も混ざっていますがこちらも参考になると思います。
http://www.lifehacker.jp/2012/03/120326syncwithoutstore.html
訂正
ではSynclogueはどうでしょう。
http://diamond.jp/articles/-/16492
https://www.synclogue.com/
すいません。↑のサービスは手動同期できない可能性があるので別のを紹介します。
有料ですがCloud Shared Office Syncはいかがでしょう。
http://www.cloudsharedoffice.com/sync_feature1?param=a0y10000000VT45AAG&META=Salesforce+%E3%83%A6%E3%83%BC%E3%82%B6%E3%83%BC%E6%95%B0%E7%84%A1%E5%88%B6%E9%99%90
機能
http://www.cloudsharedoffice.com/sync_function