生ぬるいの「生(なま)」は、「少しばかり」「なんとなく」の意味だそうです。なま【生】の意味 - 国語辞書 - goo辞書
この場合の「生」は「生もの」の「なま」です。軟らかい、固まっていない、次第に変化するものです。「生意気」だとか「生兵法」とか、完成品ではない、中間的な、それでいて何某かの特徴を備えた状態です。