可能です

AからBに立替費用として請求してください
Bの使用人給与は創立費として計上可能です

A社は保証人やそれに類するものでないという前提で話します｡

> A社がB社に建て替えで支払ったような形で請求することは可能なのでしょうか？

請求したとしてもA社は応じる義務はありません｡
なら､A社は応じて良いのかというと､原則は良いのですが､B社の意思に反する場合は応じてはいけません｡

民法

(第三者の弁済)
第474条 債務の弁済は､第三者もすることができる｡ただし､その債務の性質がこれを許さないとき､又は当事者が反対の意思を表示したときは､この限りでない｡
2 利害関係を有しない第三者は､債務者の意思に反して弁済をすることができない｡

なお､｢民法(債権関係)の改正に関する要綱案の原案｣では､B社の意思に反することをｽﾀｯﾌが知らなかったときは､ｽﾀｯﾌはA社から受け取って良い(A社は払って良い)ことになります｡
http://www.moj.go.jp/shingi1/shingi04900237.html

この点は意見を述べたければにそちらに言いましょう｡この旧ﾊﾞｰｼﾞｮﾝについては連絡先がこちらにあります｡
http://www.moj.go.jp/shingi1/shingi04900227.html

ただ､素人がちゃんと理解した上で意見を述べるのは厄介ですが｡