正規表現に詳しい方にお尋ねします。

単純に途中の全角ブランクを取るのなら、下記でいけると思います。

検索パターン　「,([0-9]{3}-[0-9]{4})　」（最後に全角スペースあります）

置換パターン　「,\1,」

もし、EmEditorが繰り返しを使えないなら

検索パターン　「,([0-9][0-9][0-9]-[0-9][0-9][0-9][0-9])　」　

置換パターン　「,\1,」

置換で置換元を

,(\d{3}-\d{4})　(.*?),

とし、置換先を

,\1,\2,

とするといかがでしょうか？

ただし条件として、同じ行にほかに 「3桁数字-4桁数字」 のデータがないことが条件です。

,XXX-XXXXＹＺＺＺＺＺＺＺＺＺ……,

という書式との事ですが、他に同じようにマッチする部分が出てこないように、

『XXX-XXXXＹＺＺＺＺＺＺＺＺＺ』の部分より前と後のコンマの数を数えます。

例えば、

ああ,いい,うう,ええ,おお,XXX-XXXXＹＺＺＺＺＺＺＺＺＺ,かか,きき

というような場合は、前に5個、後に2個コンマがあります。

このとき、

検索する文字列

^(([^,]*?,){5}\d{3}-\d{4})　([^,]+?(,[^,]*?){2})$

置換後の文字列

\1,\3

とすれば、ご要望の通り置換できると思います。

数字の5と2の部分は、実際のファイルと見比べて変更してください。

ただし、サクラエディタでの動作確認しかしておらず、

EmEditorでは確認していません。