PHPのセキュリティについて質問です。

下記の様にhtml内にphpスクリプトを入れるのはセキュリティ的に危険でしょうか？

＜html＞＜body＞
＜?php
include 'hatena.php';
hogehoge();
?＞
＜/body＞＜/html＞

具体的には下記の質問のコメント欄にお答えいただいた物です。
http://q.hatena.ne.jp/1225990784
いいか悪いかについて簡単でもよいので根拠を添えてご回答ください。

また、もしだめと言うことでしたら、上記の質問をどのように解決したらよいか、
実際のスクリプトまでお示しいただければ本当に助かります。

Vista,PHP5,XAMPP,Firefoxという環境でやっています。
以上、よろしくお願いします。