現在、さくらの専用サーバーを借りております。

専用鯖ならココから入るんでない？

https://secure.sakura.ad.jp/control/

共用の場合はココから。

https://secure.sakura.ad.jp/rscontrol/

左側にドメインのコンパネがあるから、好きなディレクトリをドメインに振ればよいかと。

https://secure.sakura.ad.jp/rscontrol/rs/domain

オンラインマニュアル。

http://support.sakura.ad.jp/page/manual/

www.の挙動に関しては、.htaccessで301リダイレクトをかければよいかと。

http://www.suzukikenichi.com/blog/integrating-www-and-non-www-by...

専用鯖は使ってないんで、詳細な挙動はわかんないけど、ググれば情報は多いので大丈夫かと。

http://faq.sakuratan.com/

サーチエンジンが同じページがあると思ってページランクが落とされるので

wwwを表示するのとwwwを表示しないのはあまりお勧めしませんが…

あなたの方法でやると4つのコピーページがあるとサーチエンジンが誤認するわけですけどね。

1.まずサクラインターネットコントロールパネルに入ります。

2.←にあるメニューからドメインをクリック

3.対象のドメインの変更をクリック

4. 1. 設定をお選びください　で 『マルチドメインとして使用する（推奨）』のチェックボックスをチェック

5. 2. マルチドメインの対象のフォルダをご指定ください /home/*****/www/【自分の対象フォルダ】を入力する。

6. 送信をクリックする。

7. 同じ手順で設定をしていってマルチドメインの対象フォルダを間違えないように設定する

これで表示されるはずです。

http://support.sakura.ad.jp/support/manual/rs/setdom_i.shtml

■ DNSの設定

まずさくらインターネットの

会員メニュー＞契約情報

のページから、ドメインメニューの項目をクリックします。

そこに取得済みのドメイン一覧が表示されるかと思いますので、

site.com や site.net の「ゾーン設定」のリンクをクリックします。

そこで

エントリ名が「＠」になっていてタイプが「A」となっている項目があるかと思いますが、

そこのIPアドレスが専用サーバのIPアドレスになるように設定します。

これで site.com や site.net にアクセスしてきた人が

指定のIPアドレスのサーバを見に行くようになりました。

（あとはそのサーバ側において、

　site.com にアクセスしてきた人にどのフォルダ・ファイルを表示するか

　等の設定を施してやるだけです。）

■ Apacheの設定

WebサーバがおそらくApacheだと思いますが、

Apacheでも設定をしてやる必要があります。

サーバ管理のスタイルによってやり方はマチマチですが、

こちらのサイトなどが参考になるかもしれません。

http://www.stackasterisk.jp/tech/systemConstruction/apache08_03....

ご参考になれば幸いです。