MySQL5.0.87を現在利用していて、「MySQL server has gone away」というエラーメッセージと共に接続が途絶える事象が多発する事があります。

まずはお願いなのですが、

お使いのパソコンのＯＳやＰＨＰのバージョンなど、

何も判らないと原因の特定は難しくなりますので、必須だとご記憶ください。

不適当な回答が集まっても混乱をきたしますから、私への返信欄か、

あるいは、コメント欄に書き加えておくことを勧めます。

それから、ＰＨＰのエラーログは確認されましたか？

MySQLが逃げ出した時のSQLを照らし合わせていくと同じようなパターンに遭遇するとは思うが面倒だ。

一通りの条件テストはしたみたいだから、それでもダメなら単純な推敲になるがindexかtableがぶっ壊れてそうな気がする。

reindexでもいいかもしれないがバックアップ取ってからrepairするのが近道だろ思う。

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/mysqlcheck.html

disconnectしていないというオチではないよね？

とりあえず、REPAIR TABLE コマンドを発行して様子を見てみ

http://www.hostgeekz.com/docs/mysql/japanese/manual.ja_Problems....

英語ですが、下記のページがまとまっていると思います。

http://blog.taragana.com/index.php/archive/mysql-tip-mysql-serve...

ざっくり概要を訳してみると（間違っていたらゴメンナサイ...）

1. 保持しているコネクションが、デフォルトでは８時間以上、やりとりが無かった時に切断される。PHP でコネクションプーリングしている場合が多い。
2. ロジックの誤りでコネクションを閉じちゃっている場合。例えば、マルチスレッドのアプリケーションで、別のスレッドが閉じている、とか。
3. クライアント側からタイムアウトが通知された場合。
4. クライアント側の自動再接続機能が無効にされている状態で、サーバ側でタイムアウトが発生した場合。
5. 巨大なクエリーや誤ったクエリーを投げた場合。
6. INSERT や REPLACE で、大量の行をソートしなければいけないような場合。
7. クライアントバージョンが 4.0.8 より古くて、サーババージョンが 4.0.8 以降の場合に、16MB 以上のパケットを送った場合。

稀なケースとして、

1. 管理者が MySQL のサーバを止めちゃった場合。
2. クライアントがサーバと別のホストで動いていて、接続するための権限を十分に持っていない場合。
3. Windows の場合、たぶん、タイムアウトが起きてコネクションが閉じられたんだけど、OS から十分なエラー情報が得られないので、結果、このエラーメッセージになる。
4. 5.0.19 よりで、自動再接続フラグが有効になっていても、うまく再接続出来ない場合がある。
5. 名前解決に失敗しているケース。
6. --skipe-network オプション付きでサーバが起動されている場合。
7. アプリケーションの全ての子プロセスが、同じコネクションを使おうとしている場合。
8. ファイヤーウォールで MySQL サーバが使うポートがブロックされた場合。
9. クエリーを処理中のサーバが死んじゃった場合。

というのが挙げられています。

関係ありそうなもの、無さそうなもの、玉石混交ですが、参考まで。

# なんとなく、PHP のコネクションプーリングの問題のような気がするけど。