Windows XP SP3です。

私の環境は7なので、一概には言えませんが、私も「フォルダーオプション」の表示で、「別のフォルダーで開く時に新しいウィンドウを開かない」

にチェックが入っていますが、クリック（シングルクリックで開くように設定しています）すると、新たにウインドウが起動します。

私の環境でのことで申し訳ありませんが、私の場合は、例えば、「フォルダーA」と「フォルダーB」があったとします。

「フォルダーA」の中に「フォルダーC」が合った場合、「フォルダーC」をクリックすると、新たにウインドウは起動せずにそのまま「フォルダーC」に

移動します。ですが「フォルダーA」をクリックして、「フォルダーB」をクリックすると、新たにウインドウ（この場合「A」と「B」両方）が起動します。

『「すべてのファイルとフォルダーを表示する」にチェックを入れて適応を押しても、「隠しファイルおよび隠しフォルダ－を表示しない」に勝手にチェック

が移動してしまいます。』とのことですが、勝手に移動すると言うことは、その設定が有効になっていないか、設定に関連するレジストリーが削除されている

可能性があります。レジストリーを個人で設定するのは、非常に危険で下手をするとWindowsが起動しなくなる恐れがあります。

最近のウイルスは、金銭目的の破壊活動を行うのがほとんどで、仮にウイルススキャンでウイルスが発見され駆除したとしても、設定が元に戻る保証はありません。

ウイルス駆除後に再スキャンし、検知されなければバックアップから設定を復元するか、それでも駄目でどうしても気になるのでしたら、

最悪リカバリーしか方法はないと思います。お望みの回答が出来ているか分かりませんが、参考にしていただければ幸いです。

http://blog.goo.ne.jp/gooinfo5のウイルス情報にそれらしい記述がありましたので、乗せておきます。