Windows 7のacrobat 9 proを用いてpdfファイルを作成します。その時の印刷設定を保存するにはどうしたらよいでしょうか。

プリンタドライバーは一般的に、スタートメニュー（Windowsマーク）から「デバイスとプリンター」を選択し、該当するプリンタドライバーを右クリックから印刷設定をして「OK」で設定を保存すると、それが初期値になります。
今回のAcrobatのケースでも、使用したい設定をこの手順で保存しておけば、印刷時にそのプリンタを選択すると初期でその値になっているはずです。

ただし、例外としてはMicrosoft EXCELやWordの場合。
他にもあると思いますが、印刷の設定を各ファイル毎に記録してしまうアプリがあります。
この手のソフトから印刷をする場合、前に使用していたプリンターの設定を覚えている場合があり、プリンタドライバーの初期値を無視してしまう場合がありますので注意です。