脳生理学者の時実利彦先生の「人間であること」(岩波新書、1970)には、動物の脳の神経回路のモデルが紹介されています。図中Sは、感覚器官が受け取る外部の信号、Mは脳内の記憶、Pは情報処理・運動発言のための論理装置であるということです。(Rは感覚受容器、Eは効果発現器、rからはフィードバックがあります)

大沢文夫さんのことばでいうと、「自由意思」、あるいは「ソフト」の部分でしょうか


http://www.bpe.es.osaka-u.ac.jp/album/history/talk_ohsawa.pdf

ゾウリムシの自発性があるのは確かにあるんですよね。そういうこと研究して、ずっと一応、それは認めてくれてるけど、まさかそれが人間の自由意志の問題と関係あるとは誰も思ってくれないでしょ。人間はえらい、自由意志でなんかやる。ちゃんとした意識を持ってる。それは全然無関係だと。ゾウリムシはそれは勝手に泳いどる。人間は意志でやっとると。でも私の思いはそれは繋がってると思ってるんです。下等生物のゾウリムシの自発性と、人間の自由意志とはその間には、断、私の好きな言葉は「断絶はない」という。段階はあるけど。色々ステップはずーっとあるけど。断絶はないという。そこでだんだん積み上がってきて、それで、自由意志というものに至るという、そういう階段はある。

南部さん、「今の生物学はハードの学問ですね。生物のソフトはどうなってるんですか？」って聞かれたの。

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この本の第2章は、脳のデジタル処理について論じていました。
三井先生は、北大時代に、東大の高橋秀俊先生が集中講義でいらして、
フォン・ノイマンのオートマトンの授業を受けて感動したそうです。

生物物理学序説 : 神経膜の興奮,思考の基礎論 / 三井利夫 [ほか] 著
出版者 東京 : 共立出版 出版年 1983.2 大きさ v, 222p ; 22cm

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脳の計算論 / 深井朋樹編(脳科学 ; 1)
出版者 東京 : 東京大学出版会
出版年 2009.6

この本では、大脳基底核(basal ganglia)が計算の入出力に
関与している(5.3)ということが述べられていました。