簡易なwikiシステムを作ろうと思っており、そのwikiの記法で迷ってます。

甲乙付け難いものを無理に差別すると判断を誤ります。
ここは両方使用可能にするか、別の記法を考えてみてはいかがでしょうか。セクション記号（§）というのもありますし。

ちなみにさまざまなWiki記法の共通点を集めたWikiCreoleでは==のほうですね。

# の方が視認性に優れており、番号記号の代用として用いられているので見出し記号としても使い勝手に優れていると思います。
= は数学記号としての意味合いが強すぎるため、 # に比べると違和感を与えるような気がします。

その「簡易なwikiシステム」で、どんな層の利用者が、その記法を使うか、によって変わってくると思います。
両方とも、SHIFT キーを押しながら、数字の列を押さなければいけない記号なので、打ちやすさ、という面では、イーブンです。

例えば、プログラムが書ける人たちの場合。
特に、unix 系を使う、もしくは、unix を発祥の地に持つような perl や ruby などを使う方々にとっては、
「#」 は、「コメント」を連想させます。
なので、そういう方たちにとっては、「=」の方が、見出しとして、認識されやすいのではないか、と思います。

逆に、そういった下地が無い方にとっては、「=」よりも「#」の方が、字面として 濃く 見えるので、目立たせるという意味での、見出しに使う記法としては、覚えやすいのかも。
ただ、全面的に Markdown 方式を採るとしたら、「*」がちょっと分かりにくいかなあ、という気がします。

目立たせる、という意味では、「*」と「#」の濃さが同じであることと、「*」が強調とリストの二つの意味を持っているのが、少し気になります。

どっちにしても、継続的に使われれば、視認性とかは気にならないとは思います。


因みに、ぼくは unix 系に親しんだプログラムを書ける人、に加えて、Wiki記法よりは、はてな記法に慣れ親しんだ人なので、見出しは「*」の方がなじみがあったりします。

# だとコメントの意味でよく使われるので、結構なエディタでカラーリングが行われる可能性が高いです。それは大抵コメントとしての色ですが何かしらの色がつくことが嬉しい人もいる気もします。

個人的には = でも # でも慣れてしまえばどっちでもよいかなと思います。

スマートフォンとかの入力を考えると
＝　のほうがよさそうに思えるが・・。