部活のメンバーで飲み会をやるんですけど、先輩たちがそこがいいかなって流れになった店が私のバイト先のお店で、そこに予約しようって話になったんですけど、わたしはまだそこでバイトはじめて3週間くらいしかたってません。ちょっと気まずかったりしますかね？気にしすぎでしょうか？

他の店にして貰った方が良いですね。
先輩といっても複数居るでしょうし、その友達がまた居るでしょう。
今回の飲み会が済んでからが問題だと思います。
オーダーの時、レジの時にトラブルが起きる可能性があります。

　自分だったら、先輩には相談せず、勤務先に相談しますね。
　「部活の飲み会がこちらの店で開かれそうなんです。自分も参加することになると思うのですが、一人のお客としてお店に来てもいいでしょうか？」

　もし、先輩にその店で勤務していることが分かったら「友達料金な！」「何かサービスしてくれよ！」とかいう話になる可能性があります。そういうトラブルが起きた時、すごく気まずいと思うんです。だから、絶対にナイショにしておいて下さいね。

　勤務先が「仕事以外で飲食に来るのは構わないけれど、特にサービスなどはしないから」という事であれば、先輩方にはその店で勤務していることはナイショで、一人のお客さんとして来るのがいいかもと思います。他のアルバイトの子にも、自分を見かけてもスルーしてねとか、個室を用意してもらうのがいいかも知れません。

　先輩方が決めることですから、後輩が意見するのは難しい雰囲気だと思います。
　勤務先から良い返事がもらえない場合、「家族の用事で出かけなければならないので」とか理由をつけて飲み会を欠席する方が良いかと思います。