再設定しても表示されません。
どうしたら表示されるようになるでしょうか。
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質問には書かれていませんが、Firefox のバージョンが 55 か 56 なのだと思います。
Bookmark Favicon Changer のブックマークの favicon は、通常の Bookmark とフォルダで表示の仕方が違います。
Firefox Bookmark Favicon Changer では、フォルダの favicon を表示するために、そのデータを持っているファイル（places.sqlite）を直接変更しています。
Bug 977177 - move favicons blobs out of places.sqlite to their own database
977177 - move favicons blobs out of places.sqlite to their own database
Firefox55 で、性能改善のために places.sqlite というファイルから favicons.sqlite という専用のファイルに持つように変更されました。
Bookmark Favicon Changer は更新が止まっているようなので、新しい仕組みに対して対応ができていないためにフォルダの favicon を変更できません。
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（フォルダではない）ブックマークの favicon は、それを更新する API があって、それを使って変更しています。
2017/11/12 11:54:34どのファイルに持っているかを、その API が隠ぺいしているため、、通常のブックマークは更新できているようです。
その API は、フォルダの favicon が変更できないため、アドオンが独自にファイルを更新してるので、場所が変わった影響が出ているということです。
ありがとうございました。
2017/11/12 12:04:53作者の方に要望を出してみたいと思います。