日本医師会への加入については必ずしも医師の義務ではないようです。問題は、加入する事で得られるメリットが高い入会費に見合うだけのものであるかどうか、という点ですが。以下のサイトでは入会に対する疑問や批判を述べておられるようです。
http://www.mfukuda.com/isikai/kinmuitoisikai.htm
http://www.med.or.jp/nichinews/n100820p.html
一方、当然ながら医師会側は加入を勧めています。
http://www.sjk.tokyo.med.or.jp/osusume.html
友人がある医師の雇用下に入るとした場合、雇う側がどのように考えているかによって、方針を決めた方が良いように思います。病院によっては入会金を肩代わりして下さる所もあるようですし、質問者のご友人が単に経済的な理由以外で入会していないのであれば、そこをきちんを話し合った方が良いと思います。
御粗末さまでした。