問題点が「容量がもったいない」ではなく、「ゴミが散らかっているのが気持ち悪い」なら、以前の職場でこういうことをやりました。
本当に消してしまうのではなく、目に入らないところに避けるという作業になります。
要不要を判断して消すのは相応の決断がいります。必要なものを拾い上げる方が自分は楽でした。
“PCで仕事”を速くする:3つの観点でファイルを整理する管理法 (1/4) - ITmedia Biz.IDがご参考の一つになると思います。
ちなみに私の場合はフォルダ名の頭に年月日(YYYYMMDD)つけて整理しています。
(例)
20120116_ビジネスファイル管理方法
20120112_pukiwikiの質問
古いものを活用して何か新しいものを作る場合には、頭の年月日を最新にし、フォルダの中身をサブフォルダ化し、前のバックアップを置きます。
(例)
20120116_ビジネスファイル管理方法
↓
20120121_ビジネスファイル管理方法
20120116_ビジネスファイル管理方法
ここに最新のファイルを置く
こうしておく利点は、名前を見れば直観的に分かるので、古いものをすぐにゴミ箱に捨てたり、バックアップメディアに焼く際も削除するのも簡単にできます。
(洋服でもそうですが、いつか着るかも・・・というものはまず使わないことが多いです)
その他では、ものによってはFenrirFS - 音楽の管理が iTunes なら、ファイルの管理は FenrirFS で。も使ったりしてます。ラベルをつけて探しやすいのもありますが、ちょっとしたコメント入れれるので、いちいちファイルを開かなくてもコメント見ればどんなファイルか分かるので便利です。
ご参考になれば幸いです。