確かに菌類はあちこちに存在しています。
しかし、発病するかどうかが問題であって、菌の存在そのものは自然なことです。
むしろ、無菌状態になるほど殺菌してしまったら害の方が大きいでしょう。
強力な薬剤を使えば一時的に殺菌できますが、体表の細胞への負担が大きく、反って荒れた感染しやすい状態になってしまいます。
ブドウ球菌もサルモネラ菌も大腸菌も生体防御があるので普通は感染症の原因にはなりません。
異常に繁殖した状態の場合は体表面が荒れている場合が多い。
なお、「中耳炎の原因となる細菌は、その80%が肺炎球菌とインフルエンザ菌」だそうです。
http://www.myclinic.ne.jp/imobile/contents/medicalinfo/gsk/top_topic/topic_32/mdcl_info.html