1.起動順序を疑ってみます。
パソコンの電源をONにしてからHDDを接続してみると3.0で認識されるかもしれません。
2.ソフトのインストールやアップデートなどを疑ってみます。
Windows7の復元機能でUSB3.0で認識できていた頃に復元すれ3.0で認識されるかもしれません。
その後のインストールやアップデートで再び2.0になってしまったなら、そのソフトが原因ということになります。
3.最新ドライバを導入してみます。
http://www.iodata.jp/lib/product/h/4343_win7.htm
Ver.1.00.04(2013/03/11)
・USB3.0環境での動作安定性向上。