osは基本ｿﾌﾄなので､それ単独でｱﾝｲﾝｽﾄｰﾙするという事はほとんどできません｡その前のﾊﾞｰｼﾞｮﾝ等がｲﾝｽﾄｰﾙされていて､それに戻すというような事なら可能ですが｡
また､ｸﾘｰﾝｲﾝｽﾄｰﾙは完全にまっさらな状態で入れる事ですので､いわゆるｱﾝｲﾝｽﾄｰﾙで以前の状態へ戻しただけではｺﾞﾐが残り､ｸﾘｰﾝとは言い難いです｡

で､ｸﾘｰﾝｲﾝｽﾄｰﾙはHDをﾌｫｰﾏｯﾄしてしまうので､ｱﾝｲﾝｽﾄｰﾙとは呼ばず､通常のｲﾝｽﾄｰﾙ､それもごく基本的なｲﾝｽﾄｰﾙを行う事を意味します｡
最も基本的なｲﾝｽﾄｰﾙ､HDをﾌｫｰﾏｯﾄして行う事がすなわちｸﾘｰﾝｲﾝｽﾄｰﾙです｡
当然ですが､ﾌｫｰﾏｯﾄしてしまうので､設定始め､後から入れたｿﾌﾄｳｪｱなど全て消えます｡osとそれに付属しているおまけｿﾌﾄしか入りません｡よく､ｵﾌｨｽを混同している人がいますが､ﾏｲｸﾛｿﾌﾄｵﾌｨｽは通常の市販ｱﾌﾟﾘｹｰｼｮﾝであり､OSの付属ではありませんから､当然ながらｵﾌｨｽが入っていても消えます｡

という事で､通常のｲﾝｽﾄｰﾙ手順の最初の段階でHDのﾌｫｰﾏｯﾄを選択するだけの事です｡
ただ､ﾏﾙﾁﾌﾞｰﾄの場合､古いosから順に入れないとうまく行かない場合もあります｡7と8なら大丈夫な気がしますが､7やvistaと､XPや2Kはﾌﾞｰﾄ関係が全く違うので､新しい方から先に入れると先に入れた方は起動しなくなります｡
(修復も可能ですが面倒です)
また､使わないでしょうけどME以前はまた違います｡

物理ﾄﾞﾗｲﾌﾞが異なるﾏﾙﾁﾌﾞｰﾄでは､ﾌﾞｰﾄｾｸﾀを共有しているために常に2台一組で使う必要があります｡
物理ﾄﾞﾗｲﾌﾞが違う場合は､BIOSで起動ﾄﾞﾗｲﾌﾞを選択する事でosの選択も可能です｡
この場合はos的にはﾏﾙﾁﾌﾞｰﾄではないので､ｲﾝｽﾄ順なども無視できますし､片方のOSだけを消す事もできます｡

MBR とか言っても､Windows 8世代には､通じません｡
Windows Boot Manager で情報収集しなおしてみましょう｡