室町時代ごろから日の出と日の入(または夜明けと日暮れ)の間をそれぞれ6等分する不定時法が用いられていたことと 中国の陰陽の考え方が入り、9の倍数で、表していたためでしょう。
中国の陰陽の考え方では9を特別な数として扱い、もっとも縁起の良い数と考えられていた。このことから9を2倍(9 × 2 = 18)、3倍(9 × 3 = 27)、4倍(9 × 4 = 36)…と増やしていって、その下一桁をとると9、8、7、6…となり、減っているように見えるのである。9の倍数分だけ鐘を鳴らそうとすると最大で54回も鳴らすことになるため、十の桁を省略した。
http://ja.wikipedia.org/wiki/時刻#.E6.97.A5.E6.9C.AC]