.svnディレクトリは無視したいです。
例えば、
./prj_a ./prj_b という二つのプロジェクトのソースのディレクトリがあり、
prj_aよりprj_bの方がバージョンが新しい場合です。
prj_aにマージし、prj_aをコミットしたい場合を想定しています。
./prj_a ./prj_bが同じレポジトリからcheckoutしたもので、どちらもcommitされているものなら、svn mergeを使えば良いと思います。
http://subversion.bluegate.org/doc/ch04s03.html
別々のレポジトリなら、
svn export ./prj_a ./prj_a_export
svn export ./prj_b ./prj_b_export
diff -ur ./prj_a_export ./prj_b_export > prj.diff
のようにしてパッチを作ってprj_aの中で
patch -p1 < ../prj.diff
のようにパッチを使うと良いと思います。
ただし、svn mergeのコラムに説明があるように、ファイルの増減や改名は別途手作業で対応する必要があります。
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