進化の個体と種について

ありがとうございます。URLの先も読みました。なるほどと今は思っています。
一応それなりになるほどなのですが、進化がそのようなものであるとき、常時（新種が発生し、大量に種が消えていく）ことになるように思います。
新種の発生が非常に希で間隔が開きすぎているように思います。
人類や天災気候変動が原因でなくても、消えていった種がたくさんあります。その種から突然変異と適応放散で新種が数種出ても良いと思うのですが、そうは見えません。サメやゴキブリ、亀などの生物から新種が沢山出ているようには思えないのですが、なぜでしょう。
ホモサピエンスサピエンスは全球的に生活しています。どう見ても新種が数種生まれても不思議がないです。いま識別確認出来ていないだけで、実は数種の新種に進化・分化しているのでしょうか。外見だけでなく、脳等の機能面で違う種が発生してそこいらにいるけれど、気がつかないだけなのでしょうか。
何か、ヒントになることがありましたら、よろしくお願いいたします。

2つの補足ありがとうございます。遺伝子が存在しても発現は別であるというのはわかります。その潜在能力？が状況が変化したときに発現するようになり、環境等とマッチしたときに進化(変化)が固定化の方向で歩み出したのでしょう。ただ、環境は均一でも不変でもないから、温度、湿度、餌、敵などの状況で、適当な方向に進化する動物がでても不思議がないと思います。数十世代経過すれば、変化した遺伝子を持つ子孫もそれなりの数になり、新種出現分岐の一歩を踏み出せそうに思います。
過去の大きな大絶滅の時期のことではなくて、新生代・漸新世以降の哺乳類でも新種が出現し、絶滅した種も多いです。カメは長く続いているのに現生種は300ほどで増えていないようです。これだけ長期なのですからもっと多様な目や種がいても不思議はないのにどういうことでしょうか。サメも新生代に種が増えてはいるのですが、ほとんど同じような形のものしかいません。他にワニやゴキブリも同じです。遺伝子の突然変異とプールが長期にあるなら、その状況環境でもっと多様な種に展開し、色や形、生態がまったく違うようなものが進化していてもいいように思います。チョウも1000種くらいいるようですが大部分が新生代くらいにいたらしいと読んだことがあります。ドレがこの環境に適応というものではなさそうだから、数万種いても不思議がないように思います。100種もいる生物なら、数十～百年毎に新種が増え、幾何級数的に種が増加するように思えるのですが、、、

回答ありがとうございます。よくわからないのですが、ミトコンドリアを取り込むことで生物は大変化出来たと聞いたことがあります。共生で新種が産まれたということなら、腸内細菌やバクテリオファージが住んだ？ので現在のような消化機能や抵抗性をもつ生物が産まれた(進化)できたとも考えられるのなら、遺伝子配列などの変異を次世代が引き継ぎけでないような気がします。
確かに大腸菌やインフルエンザウイルスなどはどんどん新種が生まれるし、新種を作り出す環境を整えることも出来るのだから、高等生物でも新種はどんどん出来てよさそうな感じがします。ラットなど実験動物は新種を作っています。世代交代に必要な時間が長くかかりそうな気もしますが、もっと複雑な構造を持っている生物なら、食性、視聴嗅覚、身体特徴、骨格、内臓、代謝・内分泌、認識思考記憶感情やコミュニケーション力が違う種類がもっと多様に出現しそうです。チョウや鳥などは色も形もあれだけ違います。環境に適応できず生存できないという進化形以外に、生き続けていける進化形はいくらでもありそうです。これだけの種類が生存可能なのだから、その中からちょっと変化することで新種が出来るなら、数十年あれば数種類は新種が出現しそうな気がします。　新種として識別確認できているものが少なすぎるような気がするのですが、そう思うのはおかしいでしょうか。

詳しい説明とURLをありがとうございます。
よろしければ｢大型動物などの例を挙げるとその遺伝子～発現系の変化というのはものすごい時間がかかるものとなるので、｣のところを、詳しく教えていただくか、参考書か、webで見えるものをお教えください。
体格の大きさでなくて、たぶん、各部の機能が色々ある動物という意味なのだろうと想像します。シカ科には現生種で約16属36種いるそうです。角が立派だと優位であると角が発達したと聞いています。ウシ目の始祖も新生代始新世に始まるらしいです。確かに発現系の変化出現は数千年ではなさそうです。しかし、角や尾、毛皮の模様、多少の体格体型の差などは、どう変化が出現したところで、生き延びる上で決定的ではなさそうです。遺伝子を持っている場合、その出現に時間がかかるというのはどのような理由によるのでしょうか。
鳥類は現生種の相当部分が白亜紀末までに出来ているそうです。新生代では種の分化がどうなったかがよくわかりませんが、延々と進化(種の分化)が起きなかったのでしょうか。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E9%B3%A5%E9%A1%9E#.E7.8F.BE.E7.94.9F.E9.B3.A5.E9.A1.9E.E3.81.AE.E5.A4.9A.E6.A7.98.E5.8C.96
哺乳類は新生代に分化が進んだのだと思っています。
ゲノムが解読された主な生物のリストをみるとゲノムの長さほどには遺伝子の数は差がないようです。
http://www.bioportal.jp/ja/link_redirect/data_room/finished_genome.html
　
｢耐性菌はその『群』の中に潜んでいる訳ですし、耐性形質を獲得していない菌が完全に滅びるという事はない｣、｢原種は原種として存続｣、｢耐性菌はペニシリンを分解する酵素を遺伝子として持ち合わせており、これが多勢の中に存在し、ペニシリンの投与を受けて……つまり『選択』されてその勢力を拡大する＝耐性菌という新種の『群』なる。原種はペニシリン耐性を持たない『群』のままである｣と理解して良いでしょうか。｢耐性菌は新種ではない。原種の中にいる個体の識別名称にすぎない｣と理解するのでしょうか。
　
http://www2.biglobe.ne.jp/oni_page/Evolution/s0090.htm
｢獲得形質は個体では遺伝しませんが、種としては遺伝する｣
http://www2.biglobe.ne.jp/oni_page/Evolution/s0100.htm
上記をざーっとみたのですが、｢進化の際に複雑さを増していく性質がある｣のでそのシステムの変更は容易ではないというのは、システムの基本構造についてならわかるのですが、退化縮小が可能なら、そのような種類の追加変更も可能なはずで、何を問題にしているのかがわかりません。
今の生物がミトコンドリアをなくすとか、外骨格に変わるとか、エディアカラ生物になる、鳥類が四つ足になるのは大変でしょうが、普通いう新種なら原種かの出現分岐が難しいとは思えません。
犬猫家畜等は人間が作為するので特殊です。人間が作為をほどこさなくても、地域の環境や生物相は数百年という期間では大きく変化しています。また少し距離があるところでは環境や生物相が違います。人間の作為が働く場合の数十倍の時間はかかるのかもしれませんが、200、300という世代（数百年）もあれば、新種が分化し従来とは異なる環境で生きる群、形質が異なって見える群が成立してもよさそうに思えます。小進化が起きやすいのであれば、もっと新種の発生は多くて良さそうに思いますが、その辺りで、参考になる図書か、webがありますでしょうか。
　
もしも、よろしければ、次の別質問にも、アドバイスをいただければ幸いです。
http://q.hatena.ne.jp/1348895989
http://q.hatena.ne.jp/1348898420

｢コメント｣に気付かずにいました。質問を終えようとして、コメントに気づきました。ありがとうございます。
｢種｣とはなにかは、とても難しいことになっているんだなあとわかりました。
>>　高等生物において、遺伝子の変化が表現系に現れにくいというか、えらい事になると書いたのは、実はこのあたりとなります。
しばしばそういうのを読むのですが、写真などで見える範囲ですと、哺乳類や鳥類なども多種いますよね。昆虫などはもっと種類が多く、プランクトンの写真など見ると、スゴイとあきれるのですが。
http://www.brh.co.jp/research/formerlab/miyata/
この系統図で示している中だけですが、高等生物も短期間にずいぶん種類を増やしています。期間の長短と種類の多さ多様さをみた場合に、高等生物において、遺伝子の変化が表現系に現れにくいと言えるのでしょうか。生物進化の過程の形態変化を分子レベルの変化で説明することは困難で、遺伝子の重複が問題で、さらに、コピー後の重複遺伝子を構成する各遺伝子が突然変異を受けて、発現部位を変える、発現の程度を変える、産生するタンパク質を変化させるなどのプロセス制御が重要であると、ことはやっかいだと思います。
プロセス制御のソフトを担う部分の違いが受精や出生に影響を与えるかもしれませんが、受精、出生、成長は出来ても、完成(成熟した状態)が他の個体とずいぶん違うというケースが多そうな気がします。
『生命の誕生と進化』(大野乾/東京大学出版会)は探してみます。
この質問は終わりにさせていただきますが、ありがとうございました。

ありがとうございます。｢種分化｣という言葉があるんですね。｢種の進化｣の日本語イメージでは、Ａ種が次第にＡ’、Ａ”となって、やがてＢ~、Ｂに変化するイメージですが、私は、進化＝進化系統樹に描いてあるような樹状に分岐していくイメージで捉えていました。ですから｢種の進化｣＝｢従来種から新種の分岐｣と思っていました。そういう人が多いのではないかと思います。私は｢進化｣とは別に｢種分化｣という種形成プロセスや種形成メカニズムを指す用語があるのを知りませんでした。
個体の中で突然変異が発生し、中立的に遺伝で蓄積された変異が集団の一部に広がった状態になっている。その状態では新種認定はない（種分化は起きていない）。新種出現には、異所的種分化、周辺種分化、側所的種分化、その他の種分化のプロセス・メカニズムがある。
そのように種分化が進むのであれば、地球上に地質時代的な大きな変動が起きていない時期でも、地域によって気候的あるいは生物相的に様々な相があり、相互に隣接交差しているのだから、隣接境界あるいは混在地では、多様な種に分化するメカニズムが働くだろうと思います。
ある種の生物がある地域で増加するだけでも、他の生物にとっては生きやすさ/生きにくさの状況が変わり、従来は環境適応ではなかった形態も適応になったりするようになって、種分化やある種の個体数の減少・絶滅も生きる、複雑系のシステムになるように思います。２５０万年という第四紀の期間でも、２０万年という期間でも、滅多やたらに新種が増え、ゴチャゴチャになる。地球上を調べると種を分類するのが面倒な状態になるような気がします。
クモは科でも100以上になるそうです。種や亜種の数は数百になるのでしょう。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%AF%E3%83%A2#.E8.BF.91.E5.B9.B4.E3.81.AE.E5.88.86.E9.A1.9E.E4.BD.93.E7.B3.BB
個体の中にこれまでの突然変異の遺伝子が蓄積されているなら、これだけバラエティに富んだ地球上で多数の個体を抱えた種がいくつもいるのであれば、【昆虫だけでなく、高等生物、哺乳類でも】数十年の期間に数種類は新種が分化し出現しそうな気がします。　現状種として識別確認できているものが少なすぎるような気がするのですが、そう思うのはおかしいでしょうか。
人間は地球上に広範囲に住んでいるので、皮膚の色、頭髪、体格、食性なども違っています。免疫系や遺伝子が違うだけでなく、それが種として既に分化しているのではないでしょうか。
その種の違いが、色々なところに現れ、家系とか遺伝とかとして認識されているのでしょうか。
哺乳類の目科属の中で、鳥類や魚類の目科属の中で、ある種から数種の新種が分化していくとき、その新種相互、新種と元種での交配も同居も可能なのではないでしょうか。多くの元種の個体と、比較すれば少数になる新種の個体がいて、数十年、数百、数千年、１万年後にみれば、あの時期に元種と新種が分化メカニズムが働いたんだということになるのでしょうか。
種分化は、分化し分化が終了してもすぐには認識出来ないのでしょうか。
｢同種の個体が数万生存を続けているときに、1個体とその子孫の数個体が適地を求め成功し適応拡散して新しい種を形成していく。長く持続できず短期に絶滅してしまう新種の萌芽のようなものが数百出現する中で、数十世代持続しある程度ニッチを獲得できると新種になる。そのときも元所属の種は数万あるいは数百万の個体を擁している｣【そんな感じの状態のとき】には、新種を新種として認識出来ないのでしょうか。
どのようになると、新種が出現した、種分化が起きたと認識出来るのでしょうか。
個体ベースでみるだけだと、新種なのか、単なる変異体が遺伝しているのか、わからない気がします。

補足いただきありがとうございます。
「互いに生殖できない、あるいは生殖してもその子孫が生殖能力を持たない」というのは、確認が難しいですね。不妊のペアは結構います。昔は家系維持のため色々手を尽くしても子が産まれない、産んだ子もすぐに死ぬので養子などで嗣ぐというのもありました。交配でF1、F2の出生や成長を確認するのは容易ではないです。もともと雌雄は好みやアピールでペアリングするので、色の違い、形の違いがあると、同地域に住んでいてもなかなか自然交配しない(出来ない)個体や集合(数学的な用法です)はでます。｢互いに生殖できない、あるいは生殖してもその子孫が生殖能力を持たない｣と定義しても、その定義で種を確認、同定するのは事実上困難ではないですか。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E7%A8%AE_%28%E5%88%86%E9%A1%9E%E5%AD%A6%29
仮に雄が雌から選ばれず、群からも疎外される状態になったとして、（ライオン、オットセイ、サルなどでも起きます）その雄が特定の雌の確保拉致に成功し交配し子をなしても(時たまあるようです)、自然状態だとその家系(?)が数世代独立して生きていくのは非常に困難です。種が同じとされる生物でもそうであれば、交雑した雑種が元種の群に吸収されることなく、独自に子孫を残している状態を観測発見されるのは難しいのではないですか。
性淘汰が淘汰圧に与える影響が大きいのはよくわかります。
それは｢生理的に、互いに生殖できない、あるいは生殖してもその子孫が生殖能力を持たない｣のとは違うように思います。種の違いを｢生理的に、互いに生殖できない、あるいは生殖してもその子孫が生殖能力を持たない｣ことに求めるのは無理があるように思えます。
http://dolphin.c.u-tokyo.ac.jp/~t-tsu3/esj56/
最近も種の交配の連続性や地理的隔離、分断進化などの研究がされているようです。
pascal7さんの教えてくださったサイトを読んで、いまアタマの中が混乱しています。このサイトを何度か読み直し、関係しそうな書籍をあたってみたいと思っています。
結構難しくやっかいで、基礎知識を持っていない私には、論理構成がどうなっているのかもわからず、webサイトの内容が理解出来かねています。
この質問は、私には十分にお答えはいただいたということで、終わりにさせていただきます。整理がついたら改めて質問させていただくかもしれません。そのときには、よろしくお願いいたします。
ありがとうございました。