通常であれば､作業効率的な違いはまったくありません｡そもそも｢ﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟ｣という物自体が､実際にはCﾄﾞﾗｲﾌﾞの一部分なのです｡
お使いのOSの種類によって変化しますが､もしWindows7なら､ｴｸｽﾌﾟﾛｰﾗで｢C:\ﾕｰｻﾞｰ\<あなたのﾕｰｻﾞ名>\ﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟ｣を開けば､そこにあなたのﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟに置かれているものと同じ名前のものが並んでいるはずです｡このﾌｫﾙﾀﾞ上でﾌｧｲﾙを作ったり削除したりすれば､実際のﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟも同じように変化します(逆もまた然り)｡要は､ﾊｰﾄﾞﾃﾞｨｽｸのこのﾌｫﾙﾀﾞが即ちﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟなのです｡

よって､そもそも｢ﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟにﾌｧｲﾙを置く｣ことと｢ﾊｰﾄﾞﾃﾞｨｽｸにﾌｧｲﾙを置く｣事は全く同じことなので､処理効率に違いなどあるわけがありません｡まぁ画面が乱雑になることで､使う人間の方の効率が落ちることはあるかもしれませんが｡

ただ､環境によっては実際のﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟがﾊｰﾄﾞﾃﾞｨｽｸにあるとは限りません｡企業環境なんかでは､ﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟをﾈｯﾄﾜｰｸ上の共有ﾃﾞｨｽｸにしている場合もあります｡

ﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟに物(ｱｲｺﾝ)を置きすぎると､常に描画しているし､背景も絵があるだけに､重たい読み込みが必要なので､osのたちあがり時間が遅くなります｡
が､それで大きな影響があったのは､昔だけかもしれません｡
ただﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟは､更新日時一覧に変更もできないし､ﾌｧｲﾙやﾌｫﾙﾀﾞの新ﾊﾞｰｼﾞｮﾝと旧ﾊﾞｰｼﾞｮﾝもわかりにくいし､勝手に整列させないとどこかｳｨﾝﾄﾞｳの裏にまぎれこんでしまうこともあるし､通常のﾌｫﾙﾀﾞより検索もしにくい｡見栄えにくらべて､使い勝手はよくないとおもいます｡
また､通常のﾌｫﾙﾀﾞをいつもつかっていれば､ﾌｫﾙﾀﾞ構造や格納位置などをなんとなく把握できますからいい癖を最初につけておこうということではないでしょうか｡

作業効率は､やる人の流儀次第じゃないですかね｡私は絶対にﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟにﾌｧｲﾙを置かないのが流儀です｡全てのﾌｧｲﾙはﾌｫﾙﾀﾞに分類してしまってあります｡これはWindows以前のDOSの時代に身に付いた習慣なので､非常に古典的なやり方だと思います｡なので､他の人がﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟに置くのをやめろというつもりは全くありません｡

今どきのPCなら､ﾃﾞｽｸﾄｯﾌﾟが散らかっている程度で性能低下は起こしませんから､別にどこにﾌｧｲﾙを置こうが気にする必要はなくて､自分がやりやすければそれが一番いい方法と言えます｡ただしやり方には必ず一貫性がなければなりません｡じゃないと､いざという時にﾌｧｲﾙが行方不明になり､｢何やってたんだよ昔の俺･･･｣みたいなことになりますからね｡

なので､あまり厳格じゃなくても全然構わない､これだけは最低限守るという整理ﾙｰﾙを決めて確実に守るようにしましょう｡