NTTでは、３月５日から４月５日までの電話料を４月２１日に請求書発行しますが、官公庁では１５年度、１６年度どちらの経費で支払うのですか？

ご参考に。

5月まで処理できるようですよ。

請求書に対して支出命令書を切ります。

支出命令書の期日は、支払い日が基準ですから当然１６年度となります。

１５年度分の予算で消化すべき経費については必ず、３月３１日までの日付で支出命令書を発行します。実際の支払いは翌年度になります。

そもそも、民間企業の場合は、株主への報告義務（配当義務等を含む）があるわけで、

収益確定時期において「年度」が重視される背景がありますが、官公庁の場合正直その辺は案外鷹揚なのかもしれません（そこは関係者の答えを期待しますが）。

ですから、16年度予算（5月予算分）で支払で処理で良いのだと思います。