20m以下のものしか係留できないようですが、新木場駅から徒歩15分のロケーションですので、お探しの条件に近いのではないでしょうか?専門外ですのでお探しの答えと違っていたら申し訳ないです。
http://www.t-marina.com/s_boat.html
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追加です。ここだと24フィート以下のものが係留できるようです。
http://www.windcraft.co.jp/marine/36tokyo.html
東京都のマリーナ情報 Windcraft MarinaList 36
東京都のマリーナ情報はこちらが便利だとおもいます。
東京ディズニーランドの裏手にあります。『彼女が水着に着替えたら』の撮影場所です。(古いかな?)
公営でも高いですねえ。経費削減のため町田から電車で行かれるところも候補として挙げたいと思います。引き続き情報をお待ちしています。