MacでFirefox17を使っています。

他人に自分のブックマークは見せたくないですが、自分と同じ趣味を持っている人のブックマークは見たいです。

設定で非公開にすれば良いと思います。
「ブックマークの設定」→「全般」→「ブックマークの公開/非公開」

整理整頓機能に優れたブックマーク管理ソフトに乗り換えたら、この件は解決しますか？

しないと思います。
あくまでも、整理整頓をするのは、ソフトを使う自分がやるわけですから（リンク切れを掃除するような機械的な作業を任せられるものならあるけれど）。
はてなブックマークを使っているなら、せめてタグはつけておいた方が良いと思います。
んで、整理することは、きっぱりとあきらめて、検索機能に頼る。
ぼくは、ブクマしている数は、それほど多くないんですが、「あ、ブックマーク済みか」なんてことは、よくあります　(^^ゞ

Googleブックマークとはてなブックマークはどちらが良いですか？

Google ブックマークは、外にブックマークが置いてあるだけだと思ってるので、ローカルに持ってるのと違いが見いだせなく、すぐに止めました。
元々、ローカルのディスクに落ちているインターネットショートカットを検索するちょっとしたプログラムを自分で書いて使ってたので。
はてなブックマークって、ぼくの感覚としては、URL 紹介のマイクロブログなんだなあ、と思ってます。
これは、機能のある/なしの話じゃなくて、そこに参加している人がいるから、そう感じるのだと思います。
＃ 完全に、個人の好みの話ですね


ついでに。
似たような質問が最近ありました。ついている回答は、参考になると思います。
http://q.hatena.ne.jp/1351489174